生物工程专业于2007年开始招生。2014年生物工程专业被评为校特色专业，2016-2018年依托生物工程专业，实施了我院“一院一品”教育教学改革项目。2019版人才培养方案紧密围绕服务地方经济设置2个专业方向，即发酵药物（结合地方医药园区微生物发酵制药）、天然药物（结合地方黄芪、黄花、小杂粮产业）。
学院注重多途径培养人才，考研升学率一直保持在38％左右；就业率87%。本专业具有山西省教学名师1人，山西省高校“131”领军人才1人，入选“三晋英才”支持计划拔尖骨干人才1人、青年优秀人才2人、入选大同市学术技术带头人1人。
本专业旨在培养学生具有良好的人文和科学素养、社会责任感、国际视野、创新精神和环保意识，具备扎实的生物学与工程学基本知识，掌握生物工程及其产业化的科学原理，突出生物加工过程工艺技术和设计能力，具有创新能力、自我学习和不断发展能力，适应国家、地方与行业社会经济改革发展要求，能够在微生物发酵药物、天然药物等生物工程相关领域从事工程设计、技术开发、生产管理、质量控制、产品销售和新技术研究、新产品开发等相关工作的应用型高素质工程技术人才。